Di un collegamento ferroviario con Manfredonia si iniziò a parlare già a metà dell’ottocento quando si intendeva prolungare la progettata linea Napoli – Benevento via Valle Caudina verso Foggia e Manfredonia, così da ottenere una linea traversale veloce che collegasse Mediterraneo ed Adriatico. Nonostante gli interessi iniziali tale progetto rimase sulla carta. Si ricominciò a parlare di un collegamento con Manfredonia nella seconda metà dell’ottocento: stavolta il progetto prevedeva un collegamento fra Manfredonia e Lucera: si doveva trattare di una sorta di traversa che doveva incrociare a Foggia le più importanti linee di collegamento fra il Nord ed il Sud dell’Italia. La linea doveva anche consentire l’inoltro di merci verso il porto di Manfredonia, il più vicino al capoluogo Foggia. Tuttavia, la Legge Baccarini, la inserì tra le ferrovie secondarie da costruire con il contributo del 20 % a carico degli enti locali non ritenendo più essenziale il collegamento con Napoli. Nella realtà la linea finì quindi per essere una diramazione a se stante che collegava Foggia al mare. Il tratto Foggia – Manfredonia venne inaugurato il 12 luglio 1885. La linea riscosse sin da subito un discreto successo tra le popolazioni locali,generando un discreto traffico passeggeri e merci. Due erano le stazioni ove poter effettuare incroci in linea,ovvero Amendola e Candelaro. A queste due stazioni, successivamente si aggiunsero due fermate, Tortorella e Frattarolo al servizio delle aree agricole della zona, mentre più tardi una nuova fermata venne realizzata a Siponto.
Negli anni ’30, dal fascio binari della stazione di Manfredonia si decise di realizzare un doppio collegamento, il primo per avvicinarsi alla città, il secondo per raggiungere il porto mercantile. Il primo collegamento venne realizzato semplicemente prolungando uno dei binari in uscita dalla stazione di Manfredonia dal lato opposto a quello per Foggia per circa 600 metri fino a raggiungere, dopo un passaggio a livello, la parte centrale di Piazza Matteotti dove venne realizzato un semplice marciapiede senza alcun fabbricato viaggiatori: la nuova fermata, inaugurata il 1° luglio 1934, venne denominata “Manfredonia Città” (mentre la stazione principale venne denominata “Manfredonia Campagna”) e in essa si attestavano alcuni dei collegamenti diretti con Foggia.
Il secondo collegamento, quello con il porto mercantile, venne realizzato attraverso un raccordo che, uscito dal fascio binari della stazione principale, si immetteva sul molo del porto. L’inaugurazione del raccordo avvenne in concomitanza con l’inaugurazione di “Manfredonia Città” il 1° luglio 1934. Tale raccordo servì per le merci ma anche per alcuni collegamenti passeggeri diretti con Foggia negli anni cinquanta e sessanta. Nel 1941,nella frazione di Amendola viene costruito un aeroporto militare (oggi sede del 32° Stormo) ,successivamente raccordato alla ferrovia e che vedeva un discreto traffico di cisterne di carburante. Negli anni ’70, a seguito della realizzazione del Porto Alti Fondali di Manfredonia costruito in relazione alle attività industriali e commerciali legate al petrolchimico Anic/EniChem e al trasporto di diverse materie prime alimentari come il grano, venne pensato un rilancio della linea e realizzato un nuovo collegamento ferroviario a servizio del porto stesso che si distaccava dalla linea per Manfredonia nei pressi della fermata di Frattarolo. Proprio in previsione del futuro traffico merci la fermata venne spostata subito dopo il PL, al Km 29+816, realizzando una nuova stazione con diversi binari a servizio del traffico merci.Alla fine degli anni settanta troviamo in orario una quindicina i collegamenti giornalieri fra Foggia e Manfredonia Città con qualche corsa aggiuntiva nel periodo estivo al servizio dei bagnanti che da Foggia raggiungevano le spiagge del Gargano. La frequentazione dei convogli era buona soprattutto per raggiungere il terminale di Manfredonia Città, oramai posto sempre più al centro della cittadina. La stessa stazione di Manfredonia Campagna, una volta estremamente periferica e circondata da terreni, con l’espansione edilizia, era ormai posta nel centro abitato.Ma con la crescita della motorizzazione privata e i primi problemi di traffico nella cittadina di Manfredonia, portarono a rendere sempre più difficoltoso l’attestamento dei convogli a Manfredonia Città in un tratto non protetto ai pedoni che, soprattutto nel periodo estivo quando la piazza era molto più frequentata, rendeva pericoloso il transito dei convogli. Fu così che si decise nel solo periodo estivo di limitare alla stazione di Manfredonia Campagna le corse effettuate con materiale ordinario ossia quelle diurne (grosso modo fra le 8 e le 21). Se il traffico passeggeri tra i due capolinea era su buoni livelli, non si può dire altrettanto delle altre localitá. A parte Siponto, tutte le altre stazioni erano poste in piena campagna,lontano dai centri abitati, utilizzate esclusivamente da pastori e/o lavoratori delle masserie. Consideriamo, ad esempio , la stazione di Candelaro. Situata a 12 km da Manfredonia, la struttura aveva un interesse esclusivamente locale, legato al carattere agricolo della zona, con alcune masserie e case coloniche presenti nelle vicinanze. Oppure Amendola,posta in piena campagna e che aveva una sua utilità solo per la presenza del raccordo per il vicino aeroporto. Nella metà degli anni ottanta vennero soppressa le stazioni di Candelaro e Tortorella per la loro scarsa frequentazione, mentre pochissimi oramai erano i convogli che fermavano a Frattarolo. Lo stesso traffico merci a servizio del nuovo porto non decollò mai,restando limitato a sporadici servizi per la Enichen,fino alla chiusura dell’industria. Nel 1989, la linea venne definitivamente limitata alla stazione di Manfredonia Campagna, che nel frattempo aveva riassunto la denominazione di Manfredonia. Si decise anche,per ragioni di economia di esercizio,di sopprimere la Dirigenza Unica e di realizzare un servizio “a spola” fra Foggia e Manfredonia, eliminando il binario di incrocio ad Amendola e Candelaro,mentre l’impianto di Frattarolo venne soppresso,lasciando attivo il solo raccordo merci. Scomparso definitivamente il residuo traffico merci,la linea vede l’agguerrita concorrenza dei collegamenti su gomma che, seppur penalizzati dal traffico lungo la SS89, hanno il vantaggio di offrire un servizio capillare per le varie frazioni e di transitare davanti all’ingresso dell’aeroporto militare di Amendola. Nonostante ciò la Regione Puglia sembra voler mantenere la linea ferroviaria, tanto da volerla trasformare in tram-treno ed elettrificata. Nel frattempo,con una decisione cervellotica,si decide di finanziare il servizio ferroviario nei soli mesi estivi.L’11 giugno 2017 viene attivata la fermata di Manfredonia Ovest, realizzata appositamente per il progetto Treno-Tram, che al momento è fermo. L’estati del 2018 e del 2019 hanno visto nuovamente circolare i treni tra Foggia e Manfredonia,mentre,con l’arrivo dell’autunno la ferrovia è tornata nel letargo,in attesa di conoscere il suo futuro.