Il presente e forse il futuro del collegamento con il porto di Civitavecchia è rappresentato dal turismo con il Roma Express,effettuato dalla società Seatrain con materiale FCU e personale SERFER, qui in sosta sul binario appositamente realizzato nei pressi del Molo Vespucci

La storia del collegamento ferroviario con il porto di Civitavecchia è strettamente legata alla costruzione della linea tirrenica per Pisa e alla realizzazione della stazione di Civitavecchia: infatti il progetto di costruzione della stazione, approvato il 30 settembre 1857, prevedeva un binario di allacciamento con il porto, da esercitarsi con trazione a cavalli. Ma all'epoca non se ne fece poi nulla, forse a causa delle opposizioni incontrate nella fase del relativo progetto, contro il quale sia il Comune che la Camera di Commercio avanzarono nel 1864 ricorso addirittura al Pontefice (Civitavecchia era ancora sotto al giurisdizione dello Stato della Chiesa) in quanto tale progetto, oltre ad essere dannoso per i commercianti ed i braccianti, era d'ingombro alle normali operazioni del porto. Le prime tracce appaiono nel 1865: Tale raccordo, di cui non rimangono più tracce, si distaccava poco più a nord della attuale stazione di Civitavecchia per arrivare in una zona del porto corrispondente all'attuale banchina Michelangelo, da dove, attraverso delle piattaforme girevoli, raggiungeva dei moli non più ora esistenti (molo grande e moletto). L'infelice tracciato ed inconvenienti ed ostacoli vari impedirono una piena funzionalità di tale raccordo, che probabilmente fu demolito nel 1880 durante i lavori di ampliamento del porto. Con l'unità d'Italia si studiarono diversi progetti per la costruzione di un nuovo raccordo ma non si giunse mai a nulla di concreto, anche a causa delle decisioni che dovevano essere prese sul futuro del porto. Si doveva decidere se fosse conveniente ampliare l'antico porto o se costruirne un altro in una località più vicina a Roma. Inoltre, poichè si doveva inquadrare il costruendo binario nel complesso dei lavori portuali, e scegliere così il tracciato più conveniente. Prevalse infine il tracciato studiato nel 1900 dalla RM (Rete Mediterranea): la linea si sarebbe distaccata all'estremità sud della stazione di Civitavecchia, poi retrocedendo si sarebbe portata a valle della ferrovia Maremmana e della Via Aurelia per svilupparsi lungo la spiaggia fino a raggiungere una nuova banchina da costruirsi nei pressi del forte Michelangelo. Il raccordo ferroviario per il porto, lungo 1283 m, venne ufficialmente aperto all'esercizio il 15 Novembre, ma il relativo binario, anzichè giungere sulla banchina, si attestò a sud del Forte. Negli anni successivi sia il porto che gli impianti ferroviari furono interessati da notevoli lavori di ampliamento e potenziamento. Venne anche studiato il collegamento con la ferrovia Civitavecchia - Capranica - Orte (un raccordo diretto che sarebbe entrato in porto con un grosso fascio binari in corrispondenza dell'attuale molo Vespucci), ma malgrado il parere favorevole da parte del Ministero dei Lavori Pubblici, non venne mai realizzato. Nel 1931 ebbe inizio il primo servizio viaggiatori da e per il porto di Civitavecchia con Roma (in coincidenza con i piroscafi con la Sardegna). Viene realizzata la fermata Civitavecchia Marittima a ridosso degli attracchi passeggeri. Il collegamento con la Sardegna, con navi traghetto, era stato sempre impedito da ragioni tecniche (condizioni del mare non sempre ottimali e lunghezza della tratta assai lunga: 210 Km). Nel 1928 avvenne la prima traversata sperimentale con nave traghetto: il carico era costituito da materiale rotabile nuovo che avrebbe sostituito quello in uso in Sardegna, ormai deteriorato. L'imbarco avveniva con gru. La traversata andò per il verso giusto.
Dal felice risultato si decise di ripetere annualmente con più corse questo tipo di trasporto, specialmente nel periodo estivo (mare più navigabile). Negli anni a seguire, i carri destinati alla rete ferroviaria sarda cominciano a viaggiare carichi di merci utili nell'isola. Nel 1938 venne elettrificata la linea Roma - Livorno e con essa anche il raccordo per il porto di Civitavecchia per la lunghezza di 1.300 metri. Allora nel porto, lo sviluppo dei binari arrivava a circa 7 chilometri.

In attesa di riprendere servizio una E 626 sosta nei pressi del Forte Michelangelo

Durante la seconda guerra mondiale l'intera città di Civitavecchia, e le strutture portuali rimasero seriamente danneggiate di combattimenti e dai bombardamenti, tanto che al termine delle ostilità quasi tutto il porto era completamente inagibile. Al fine di raggiungere la zona nord, i genieri americani aprirono un varco nelle antica mura di Civitavecchia: era la nascita del c.d Varco della Rocca, che tanti problemi causò negli anni a venire alla circolazione ferroviaria.  Nel 1949 venne istituita la fermata di Civitavecchia Viale della Vittoria, costituita solo da un marciapiede ubicato sulla sinistra della ferrovia (lato treni pari) Al finire degli anni '50 venne posato il binario nel varco dell'antica Rocca (creato nel 1945 dagli americani per farsi largo nel porto bombardato) e si realizza l'invasatura per le navi traghetto, costituita da un ponte mobile con binari. Nel 1961 la motonave Tyrsus inaugura il regolare servizio traghetti tra Civitavecchia e Golfo Aranci. Negli anni a seguire la flotta si amplierà con l'entrata in servizio delle N/T Hermaea, Gennargentu, Logudoro e Gallura.  Per fronteggiare le esigenze legate al rifornimento di carburante per le navi traghetto,a partire dagli anni '60 le FS realizzarono dei particolari carri cisterna, riadattando allo scopo i tender delle locomotive a vapore del Gruppo 736 che vennero trasformati in complessi di carri cisterna permanentemente accoppiati a due a due. Tali carri, classificati Mtar4/z 9.736, e costruiti in numero di 12 complessi (da 900 a 911 e 913) assicurarono fino a tutti gli anni '70 il rifornimento di carburante per le navi traghetto FS. In questi anni il servizio merci per il porto viene affidato in prevalenza alle locomotive elettriche del gruppo E 626, mentre si riduce sempre più la presenza di locomotive a vapore, tanto che nel 1971 troviamo solo 2 unità del Gr.740 assegnate a Civitavecchia. All'aumento del traffico merci corrisponde, però, anche l'aumento del traffico automobilistico che a partire dagli anni '60, in pieno boom automobilistico, iniziò a causare serio intralcio al traffico ferroviario,suscitando proteste sempre più crescenti tra gli abitanti ed automobilisti di Civitavecchia. Le maggiori criticità si riscontravano a causa del PL posto al Km 0+440 che attraversava Viale Garibaldi, la strada principale di Civitavecchia. Inoltre, come tutti gli altri PL posti nell'area portuale, era senza barriere,e per tanto andava impegnato con obbligo di marcia a vista e con velocità massima non superiore a 15 Km/h. É facilmente immaginabile come, specie nei mesi estivi, il transito delle (allora numerose)  tradotte da/per il porto causasse spesso la paralisi del traffico automobilistico dentro Civitavecchia.  Il traffico passeggeri, affidato anche alle ALe 803, risentiva invece degli eccessivi tempi percorrenza (circa 15 minuti per raggiungere dal deviatoio d'ingresso di Civitavecchia la Calata Principe Tommaso) e del fatto che accordava comporto illimitato al traghetto Tirrenia proveniente da Olbia: in pratica (così come il suo corrispondente treno ad Olbia Isola Bianca) doveva attendere l'arrivo del traghetto per partire. Facile immaginare come in caso di condizioni meteo-marittime avverse il ritardo della nave facesse accumulare ritardi astronomici al treno. Ancora più complesso era lo svolgimento del traffico merci diretto verso il Molo Vespucci: i treni, prima di attraversare il Varco della Rocca, dovevano arrestarsi e proseguire con marcia a vista su ordine del manovratore che doveva scortare il treno per tutta l'area portuale, esssendo la sede ferroviaria asfaltata ed usata anche per il traffico automobilistico (con le automobili che spesso e volentieri tagliavano la strada al treno)

Un'immagine che appartiene ormai al passato: Complesso di ALe803 in sosta presso la fermata di Civitavecchia M.ma (Calata Principe Tommaso). Sullo sfondo si staglia sul mare il maestoso Forte Michelangelo

Al fine di migliorare il servizio, visto l'allora fiorente traffico merci, le FS iniziano a studiare la realizzazione di un nuovo raccordo per il Molo Vespucci che raggiungerà la zona portuale da Nord. Il nuovo raccordo  si dirama al Km 1+404 della linea per Capranica/Orte (chiusa dagli anni '60) nei pressi del DL di Porta Tarquinia con un nuovo percorso interamente in sede propria. L'apertura al traffico del nuovo raccordo ha provocato la cessazione dei servizi merci attraverso il vecchio raccordo, mentre il Fascio Mare già dagli anni '80 viene utilizzato quasi esclusivamente come deposito carri. A partire dagli anni'90 inizia a farsi sentire forte la concorrenza delle varie compagnie private e pubbliche (Tirrenia) nei servizi traghetti per la Sardegna, complice anche un sempre crescente disinteresse da parte delle FS per il trasporto di passeggeri per la Sardegna,prediligendo il trasporto dei carri.  Si avvicina sempre più la fine sia per il servizio passeggeri sulle N/T FS (per la Sardegna) sia per il servizio ferroviario diretto a Calata Principe Tommaso, giudicato ormai sempre più antieconomico e poco flessibile.  Alla fine degli anni'90 sulla relazione Civitavecchia M.ma - Roma Termini (e vv) svolgono gli ultimi servizi gli ETR 232/233, che il 29 gennaio del 2000, in occasione del cambio di orario chiuderanno sia il servizio su Civitavecchia M.ma sia la loro lunghissima carriera. Cessa definitivamente anche il servizio passeggeri sulle N/T FS: anche la flotta ormai si è assottigliata, con le sole N/T Garibaldi  e Logudoro ad assicurare un (sempre più in calo) servizio merci. I collegamenti con il porto,in coincidenza con la nave da/per Olbia, continuano ad essere assicurati tramite bus sostitutitivi diretti alla stazione di Civitavecchia:se da un lato c'è la scomodità del trasbordo, dall'altro c'è una maggiore regolarità di esercizio.

Poco tempo dopo l'intera linea viene de-elettrificata e se ne decide lo smantellamento. In accordo con il Comune di Civitavecchia che ha chiesto (ed ottenuto) dalle FS la rimozione dei binari. Prima è stato rimosso il binario diretto al Fascio Base (dal PL Km 0+410 passando per Civitavecchia M.ma e Varco della Rocca), poi sono iniziati (nel mese di ottobre 2000) i lavori di smantellamento del Fascio Mare, con rimozione di tutti i carri accantonati da lungo tempo. L'ultimo treno per Civitavecchia Marittima è transitato il 18/10/00: si trattava di un 245 trainante tre carri tipo Eaos, che a causa del pessimo stato dell'armamento, è deragliato. Per poter recuperare la locomotiva è stato inviato da Roma San Lorenzo il treno soccorso, al traino della D 345.1081, che si è portato sul binario attiguo a quello della locomotiva deragliata. Gli operai delle FS si sono messi subito al lavoro, constatando che la 245 non aveva subito danni, ma che aveva "semplicemente" ceduto parte del binario, a causa della mancata manutenzione (il Fascio Mare era in abbandono da circa 10 anni). Sollevata la locomotiva si sono messi subito all'opera per riparare (alla meno peggio) il binario danneggiato, e dopo alcune ore di lavoro la locomotiva è stata rimessa sul binario ed è potuta tornare in stazione a Civitavecchia. Sono stati gli ultimi rotabili a circolare sul vecchio raccordo. Rimossi tutti i carri si è provveduto rapidamente ad iniziare i lavori di smantellamento del Fascio Mare, che si sono conclusi nei primi giorni di Novembre 2000 con la rimozione totale del binario, compreso l'attraversamento lungo il Viale della Vittoria. Il binario discendente dalla stazione è stato in seguito rimosso per permettere l'allargamento del Viale della Vittoria. Dopo 94 anni la parte più bella a mare di Civitavecchia è stata privata dei binari. Nell'ex area ferroviaria è stato realizzato un parcheggio e degli spazi attrezzati a verde inserita in un più vasto piano che ha radicalmente trasformato l'area portuale. Il futuro per il porto di Civitavecchia e per i suoi impianti ferroviari è contrassegnato da luci (poche) ed ombre (tante): da un lato nuovi lavori stanno ampliando il fascio binari a nord del Molo Vespucci, anche a fronte di una notevole crescita del traffico intermodale, dall'altra RFI (attuale proprietaria delle navi attraverso il marchio Bluvia) sembra non avere nelle strategie aziendali il mantenimento del servizio navigazione per la Sardegna che viene mantenuto esclusivamente per il traghettamento carri (circa 40 al giorno) per conto di FS Cargo, con la sola N/T Garbaldi in servizio (la N/T Logudoro è tenuta come riserva) ma il futuro non è dei più rosei, restando a rischio di soppressione. 

Ultimi scampoli di trazione a vapore per le manovre nel porto di Civitavecchia: la 740.123 nei pressi della Calata Principe Tommaso alla testa di una lunga fila di carri merci

Nel 2005 si assiste ad un ritorno dei treni passeggeri al porto di Civitavecchia. La società SeaTrain, con il servizio offerto tramite il “Roma Express” da Civitavecchia a Roma San Pietro, è la prima società non istituzionale ad operare in Italia e su rete RFI nel settore del trasporto passeggeri, ed è la prima società a sfruttare il nuovo raccordo per il servizio viaggiatori, sebbene il convoglio, composto da ALn 776 della FCU, non svolga un ordinario servizio passeggeri ma sia un servizio charter riservato ai croceristi. Il lussuoso convoglio, attualmente inserito nei pacchetti delle più importanti crociere internazionali, consente infatti ai tour operator e alle agenzie di viaggio di promuovere nuovi ed esclusivi pacchetti turistici basati su una modalità di trasporto sicura, confortevole e più rispettosa dell’ambiente. Al fine di agevolare al meglio la salita e la discesa dei passeggeri dal treno viene realizzata una banchina nei pressi del Molo Vespucci, quasi di fronte la sede dell'Autorità Portuale di Civitavecchia, uno dei soggetti che ha fortemente voluto questo innovativo servizio.  Il mancato stanziamento di fondi nella finanziaria 2008 ha portato il Gruppo FS ad annunciare la soppressione del traghettamento carri da/per Golfo Aranci, giudicato orami non competitivo e fortemente in perdita. Le immediate proteste sia dei sindacati sia degli enti locali hanno portato il Gruppo FS a rivedere la sue decisione: il servizio restaviene progato fino al 30/06/2008, anche se in forma ridotta, impiegando la sola Nave Garibaldi (la N/T Logudoro viene  trasferita a Napoli in attesa di decisioni) 4 giorni alla settimana su 7. La parola fine viene messa pochi mesi dopo: la rotta sarda viene soppressa e la M/T Garibaldi viene radiata a fine 2009 e successivamente venduta ad una ditta che la rimorchierà fino ad ALiaga, in Turchia, per la demolizione, mentre il 03/08/2011 la N/T Logudoro lascia il porto di Napoli al traino del rimorchiatore Bino destinazione Messina, dove, dal 6 luglio 2012 entra in regolare servizio. Attualmente, non esiste un servizio regolare sulla rotta sarda: così come comunicato dalle FS nel 2010 " in una logica di sostenibilità economica, una riorganizzazione industriale che consente di garantire le richieste di traghettamento dei carri ferroviari. Le corse mare per il trasferimento di carri, carrozze o altro materiale rotabile, sono soddisfatte approntando, su richiesta, navi ferroviarie sui terminali di Civitavecchia e Golfo Aranci, sulla base di programmi di trasporto ad hoc concordati e formalizzati con le imprese ferroviarie interessate. FS sottolinea come, allo stato attuale e negli scenari tendenziali, non vi è domanda di trasporto merci su carri ferroviari nella percorso Sardegna - Continente da parte di alcuna delle 37 società ferroviarie operative in Italia".  Nel Prospetto Informativo Rete, RFI, inoltre, indica che Il collegamento ferroviario via mare tra la penisola e la Sardegna e viceversa non prevede il trasporto passeggeri e può riguardare carri ferroviari merci, con esclusione di quelli contenenti merci pericolose e nocive, e carrozze passeggeri vuote. Non esiste un solo colpevole per la crisi attuale,se da un lato si può rimproverare alle FS di non aver mai creduto fino in fondo negli ultimi 20 anni nel servizio traghetti per la Sardegna (spesso nei mesi estivi si preferiva dare la precedenza ai carri anziché imbarcare passeggeri) dall'altro c'è da dire che 20 anni fa le allora FS erano un'azienda statale, e che lo stato controllava (e controlla tuttora) la Compagnia di Navigazione Tirrenia,che opera,anch'essa, sulla rotta sarda: e probabilmente, al fine di non creare concorrenza tra le due società si decise di scarificarne una, quella che non aveva la navigazione come "core business" Inoltre lo sviluppo del trasporto intermodale rende il traghettamento dei carri un sistema di trasporto lento e dispendioso. Se a tutto ciò si aggiungono le tariffe richieste da RFI per il traghettamento dei carri (si parla di almeno 7000 euro a corsa) appare abbastanza evidente che ben difficilmente, alle condizioni attuali, il servizio potrà conoscere nuova vita.

La neve a Civitavecchia è un evento molto raro: in questa foto dell'inverno del 1971 è possibile vedere, oltre al Viale Garibaldi imbiancato anche i binari per il porto con numerosi carri in sosta, a testimonianza di un servizio merci allora ancora molto fiorente